組織型態的選擇，攸關著企業誕生後所必須面對的各項問題，除經營成功與否的壓力外，如何做好帳務處理，是小企業與個人工作室應特別注意的事項。各項組織型態與主要稅負關聯如下：

１、營業稅
不論獨資、合夥組織、有限公司及股份有限公司等營利事業，除享受免稅條件及免開立統一發票者外，均應按營業人（營利事業）開立銷售發票時限表，開立統一發票，並於每單月15日前申報及繳納營業稅。
 
２、營利事業所得稅
不論何種組織型態，均應按時記帳，於年度結束後，次年5月31日前辦理結算申報營利事業所得稅，並繳納營利事業所得稅。
 
３、綜合所得稅
（1）獨資—依前項辦理營利事業所得稅申報完畢，負責人應按其所得，列報綜合所得稅之營利所得。
（2）合夥組織—依前項辦理營利事業所得稅申報完畢，按其所得，依合夥分配比例，分配給各合夥人，再由各合夥人列報個人綜合所得稅之營利所得。
（3）有限公司及股份有限公司—依前項辦理營利事業所得稅申報完畢，按其所得，依公司法規定完納稅捐後，提列10﹪法定盈餘公積，再按股權比例分配股息及紅利，由股東列報個人綜合所得稅之營利所得。
 
４、未分配盈餘課徵10﹪營利事業所得稅
有限公司及股份有限公司當依前項應分配盈餘，而未分配盈餘部分應加徵10﹪營利事業所得稅，但累積虧損可優先彌補盈餘，以減少加徵10﹪之營利事業所得稅。

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